Предыстория академии тесно связана с программой реформ Императора Александра II в военной области и в системе подготовки кадров.
5 сентября 1856 года император учредил в Санкт-Петербурге Техническое гальваническое заведение, которое, имея в штате Офицерский класс и Гальваническую учебную роту, состояло в подчинении Штаба генерал-инспектора по инженерной части. Оно представляло собой одновременно офицерские курсы военных гальванеров, школу военных телеграфистов и электроминеров, исследовательский институт, опытное производство, а также воинскую часть с полигоном.
Начальник Технического гальванического заведения генерал-майор А. Н. Вансович возглавил Специальную комиссию по разработке военно-походного телеграфа русской армии. Уже первый телеграфный парк обеспечивал строительство линии протяженностью 35 верст. К 1870 году было сформировано шесть походных военно-телеграфных парков, а к началу войны с Турцией в 1877 году русская армия имела девять 100-вёрстных телеграфных парков.
В последующие годы Техническое гальваническое заведение было преобразовано сначала в Электротехническую часть главного инженерного управления (1891), затем – в Военную электротехническую школу (1894) (начальник генерал-майор В. А. Романов), а в 1911 году – в Офицерскую электротехническую школу (существовала до 1917 года) с двухгодичным циклом военно-инженерного образования слушателей. \
Школа производила собственные телефонные фонические аппараты «ОЭШ», испытывала отечественные и иностранные средства радиосвязи, создала первые три отдельные радиотелеграфные роты русской армии, две из которых участвовали в русско-японской войне.
С 1916 года был развернут до полного штата Запасный электротехнический батальон Офицерской электротехнической школы (20 учебных рот и команд численностью до 6 тысяч человек), готовивший специалистов для фронта. Его личный состав был в гуще событий февраля и октября 1917 года.
Так, в феврале 1917-го связисты заняли телефонную станцию в Петрограде, действуя в интересах временного комитета Государственной думы и исполкома Совета рабочих и солдатских депутатов. В дни октябрьских событий личный состав Запасного батальона, заняв центральные телеграфную и телефонную станции, обеспечил связь Смольного с Кронштадтом, Гатчиной, Красным Селом и революционно настроенными частями. При участии преподавателей ОЭШ Царскосельская радиостанция по личному указанию В. И. Ленина возвестила миру об образовании Советского правительства.
1 марта 1918 года ОЭШ переименовали в Военную электротехническую школу (Временный штат введен приказом Наркома по военным делам от 20 апреля 1918 года № 290). Летом 1918 года ВЭШ вместе со штатной техникой и лабораториями была передислоцирована в г. Сергиев Посад Московской губернии (начальником школы в 1908–1919 годах был генерал-майор Г. В. Бурман).
5 февраля 1919 года Реввоенсовет Республики (РВСР) приказом № 302 ввел в действие Распоряжение Главного комиссара всех военно-учебных заведений об открытии Советской инженерной школы командного состава РККА и переименовании ВЭШ в Электротехнический отдел данной инженерной школы. 4 сентября 1919 г. Советская инженерная школа была переименована в Высшую инженерную школу (приказ № 1408).
20 октября 1919 года приказом № 1736/362 РВСР на основании указаний Совета Рабочей и Крестьянской обороны учредил Управление связи Красной Армии (УСКА). Служба связи стала самостоятельной службой штабов, а войска связи – самостоятельными специальными войсками.
Подготовку кадров связистов высокой квалификации назвали в ряду первоочередных задач, и РВСР издал приказ от 8 ноября 1919 года № 1872: «В изменение приказов Революционного военного совета Республики от 5 февраля сего года за № 302 и от 4 сентября сего года за № 1408, Высшую инженерную школу считать закрытой, а электротехнический отдел названной школы переименовать в Высшую электротехническую школу командного состава РККА». Школа была передана в ведение Главного управления военно-учебных заведений РККА. Начальником школы назначили известного инженера А. В. Бобинского.
Таким образом, впервые был закреплён приоритет военно-учебного заведения в деле подготовки кадров с высшим образованием для войск связи. Дата 8 ноября 1919 года стала официальным годовым праздником – днём формирования Военной академии связи.
10 июня 1921 года РВСР преобразовал Высшую электротехническую школу комсостава РККА в Военную электротехническую академию РККА и Флотов (ВЭТА) с 5-летним сроком обучения «в целях подготовки инженеров – военных электриков для нужд армии, флота и авиафлота». Этим же приказом при академии сохранялась созданная 21 апреля 1921 года трёхгодичная Военная электротехническая школа (ВЭШ). Первым начальником академии с должности помощника начальника УСКА по радио был назначен военный инженер Е. А. Бернарделли.
В январе 1922 года начальником академии был назначен А. К. Овчинников (с сохранением должности председателя комитета Главного военно-инженерного управления РККА). Весной 1923 года А. К. Овчинников реализовал перевод академии в город Петроград на Советский (ныне Суворовский) проспект в здание бывшей Императорской Николаевской Академии Генерального штаба, чтобы приблизить академию к ведущим электро- и радиотехническим предприятиям и научным организациям.
В августе 1923 года Реввоенсовет принял решение о слиянии ВЭТА с Военно-инженерной академией РККА и Флота в целях создания Военно-инженерной и электротехнической академии РККА. Начальником этой объединённой академии назначили А. К. Овчинникова. ВЭТА стала Электротехническим факультетом академии.
В 1925 году Электротехнический факультет реорганизовали в Военно-электротехническое отделение при Электротехническом институте имени В. И. Ульянова (Ленина) с сохранением за ним статуса академии. Начальниками Военно-электротехнического отделения ЛЭТИ были А. К. Овчинников, Е. А. Свирский, К. Е. Полищук.
В августе 1929 года Военно-электротехническое отделение ЛЭТИ было реорганизовано в Электротехнический факультет, который 1 октября 1929 года включили в состав Военно-технической академии РККА имени Ф. Э. Дзержинского. Факультету выделили фонды по Арсенальной набережной, д. 15, ранее принадлежавшие Михайловскому артиллерийскому училищу. На порядок увеличился набор слушателей. Факультет разрастался новыми лабораториями, кафедрами и вскоре получил разрешение на строительство отдельного городка, торжественная закладка которого произошла 7 мая 1932 года на проспекте Бенуа (ныне Тихорецкий проспект). Проектирование учебного здания Электротехнического факультета, ряда административных зданий и жилых домов осуществил архитектор Г. А. Гринберг (1901–1987).
Приказами РВС СССР во исполнение Постановления Комиссии обороны при СНК СССР от 21 мая 1932 года на базе Электротехнического факультета ВТА РККА им. Ф. Э. Дзержинского 28 августа 1932 года сформировали (по сути – восстановили) Военно-электротехническую академию РККА (ВЭТА). Академия состояла из шести факультетов, курсов усовершенствования высшего и старшего начальствующего состава связи (КУВНАС), а в 1933 году она пополнилась вечерним факультетом связи и институтом адъюнктов. Начальником академии назначили К. Е. Полищука (выпускник академии и адъюнктуры ЛЭТИ).
1 апреля 1933 года академия перешла в подчинение начальника УСКА, сохранив подготовку кадров для инженерных войск, ПВО и промышленности.
В связи с 50-летием героя Гражданской войны члена Реввоенсовета СССР Семена Михайловича Будённого 25 апреля 1933 года академии было присвоено наименование: «Военно-электротехническая академия РККА имени товарища Будённого» (Приказ РВС СССР № 65).
В годы репрессии 1937-38 годов академия потеряла ряд начальников факультетов и кафедр, десятки преподавателей и слушателей. В июле 1937 года был арестован начальник академии, член партии с дореволюционным стажем К. Е. Полищук. С августа академию возглавил М. И. Дратвин, но в ноябре он убыл в Китай главным военным советником и военным атташе при советском полпредстве. На должность начальника прибыл выпускник академии, военный комиссар УСКА военинженер 1-го ранга Н. Н. Андреев. В феврале 1938 года ему присвоили «…досрочно и вне очереди» воинское звание бригинженер, но в сентябре по политическому недоверию уволили в запас и арестовали. Начальником академии в ноябре 1938 года был назначен также её выпускник бригинженер В. М. Говядкин.
С первых недель советско-финляндской войны академия направила в действующую армию 245 слушателей и 92 преподавателя. Начальник учебного отдела комбриг Н. Д. Псурцев был назначен начальником связи Северо-Западного фронта, а его заместителями стали старшие преподаватели П. М. Курочкини П. Д. Мирошников. Начальниками связи объединений и соединений –полковники Н. А. Борзов, А. М. Стрелков, Н. С. Матвеев, Н. Л. Гурьянов, военинженеры 1-го ранга Н. П. Захаров, П. В. Чайка, бригадный комиссар К. Х. Муравьёв и другие.
24 августа 1940 года НКО СССР передал академию в полное подчинение начальнику УСКА, который 25 января 1941 года реорганизовал ее в Военную электротехническую академию связи имени С. М. Будённого (ВЭТАС), создав 6 факультетов и 33 кафедры.
В связи с началом Великой Отечественной войны состоялись очередной, а затем два досрочных выпуска высококвалифицированных командиров и военных инженеров общей численностью 1224 офицера. Кроме того, было подготовлено на краткосрочных курсах 1200 человек младшего начальствующего состава войск связи и 694 офицера из числа выпускников институтов и студентов старших курсов гражданских вузов.
Начальник академии приказом от 24 июня 1941 года № 023 сформировал группу технической помощи Ленинградскому фронту, которая участвовала в установке электроминных полей, налаживала телефонные и телеграфные станции, вела пеленгацию и уничтожение радиостанций диверсионных групп врага в районе Ломоносова, выполнила для фронта 92 научно-исследовательские работы. В условиях блокады специалисты академии смонтировали в Смольном систему быстродействия «КРИДа» и, задействовав приёмный центр Наркомата связи в Рыбацком, а также передатчики радиовещательных станций Ленинграда, решили задачу быстрого радиообмена боевыми документами штаба фронта с Москвой. Важнейшим вкладом стало участие в прокладке 40 км бронированного морского кабеля по дну Ладоги.
23 ноября 1941 года Государственный комитет обороны (ГКО) постановил эвакуировать академии в город Томск. Первые эшелоны прибыли в Томск 18 декабря 1941 года, а с 12 января 1942 года на всех факультетах начались занятия. Учебное и лабораторное оборудование доставляли из Ленинграда до лета 1942 года. Комплектование преподавателями взамен убывших на фронт и создание научно-технической базы завершили к ноябрю 1942 года, что совпало с переходом на обучение 70% слушателей по учебным планам и программам мирного времени (4,5 года).
На освободившихся в Ленинграде фондах академии с декабря 1941 года разместился 2763-й эвакогоспиталь, а с январь 1943 года по июль 1944 года – стрелково-пулемётные курсы младших лейтенантов Ленинградского фронта. Начальник этих курсов полковник П. В. Борисов получил разрешение на перевозку скульптурной группы памятника В. И. Чапаева (скульптор М. Г. Манизер) с Крестовского проспекта и его установку в сквере академии.
В июне 1942 года из-за ложного доноса генерал-майор В. М. Говядкин от занимаемой должности был освобожден и назначен начальником радиошколы в г. Москва. На должность начальника академии из действующей армии прибыл генерал-майор А. Г. Лапкин.
В апреле 1944 года ГКО СССР принял решение о реэвакуации ВЭТАС в Ленинград. Электротехнический факультет из её состава передали Военной инженерной академии имени В. В. Куйбышева, одновременно включив в состав ВЭТАС Отдельный военный факультет связи Московского института инженеров связи. Всего в 1942 – 1944 годы было выпущено 1381 офицеров и 960 младших специалистов войск связи. Академия выполнила в интересах фронта около 150 научно-исследовательских работ. Преподаватели часто решали специальные задачи в войсках действующей армии и на предприятиях военной промышленности.
17 октября 1944 года в авиационной катастрофе погиб начальник академии генерал-майор войск связи А. Г. Лапкин. Начальником академии назначили генерал-майора войск связи К. Х. Муравьёва.
7 ноября 1944 года за выдающиеся успехи в подготовке офицерских и инженерных кадров для войск связи Красной Армии и боевые заслуги перед Родиной в ознаменование 25-й годовщины со дня создания академии Указом Президиума Верховного совета СССР ВЭТАС была награждена орденом Красного Знамени и получила наименование: «Военная электротехническая Краснознамённая академия связи Красной Армии имени С. М. Будённого».
В 1946 году после реорганизации академия стала называться Военной Краснознаменной академией связи имени С. М. Будённого.
В 1949 году по сфабрикованному «ленинградскому делу» был освобожден от должности начальника академии, а затем уволен из рядов Вооруженных Сил СССР генерал-лейтенант войск связи К. Х. Муравьёв. Начальником академии назначили воспитанника академии генерал-лейтенанта войск связи П. Д. Мирошникова.
Во исполнение Постановления Совета Министров СССР от 26 июня 1952 года приказом Военного министра СССР на базе Военной Краснознаменной академией связи имени С. М. Будённого были созданы две академии: Военная Краснознаменная инженерная академия связи имени С. М. Будённого (начальник генерал-майор войск связи В. В. Звенигородский) и Военная академия связи (командная) – на базе командного факультета, факультета заочного обучения и Высших академических курсов (начальник генерал-лейтенант войск связи П. Д. Мирошников).
В 1957 году Военная академия связи (командная) и Военная Краснознаменная инженерная академия связи имени С. М. Будённого были объединены в одну – Военную Краснознаменную академию связи имени С. М. Будённого (начальник генерал-лейтенант войск связи П. Д. Мирошников; с августа 1961 г. – генерал-полковник войск связи А. А. Фролов).
За большие заслуги в подготовке офицерских кадров для Вооруженных Сил СССР и в связи с 50-летием Советской Армии и Военно-Морского Флота Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 февраля 1968 года академия была награждена орденом Ленина и получила полное наименование: «Военная ордена Ленина Краснознамённая академия связи».
В декабре 1972 года за высокие показатели в боевой и политической подготовке академия была награждена Юбилейным почетным знаком «Пятьдесят лет СССР».
В период с 1975 по 2003 год Военной академией связи руководили: генерал-полковник А. П. Борисов (июнь 1975 – август 1978); генерал-полковник Н. Г. Попов (август 1978 – ноябрь 1988); генерал-лейтенант П. Н. Барашков (ноябрь 1988 – декабрь 1991); генерал-лейтенант Г. Г. Савин (декабрь 1991 – ноябрь 1995); генерал-лейтенант С. Р. Лигута (ноябрь 1995 – январь 1998); генерал-лейтенант Е. А. Карпов (январь 1998 – январь 2003).
В августе 1998 года приказом Министра обороны Российской Федерации на основании Постановления Правительства РФ от 29 августа 1998 года № 1009 «О военных образовательных учреждениях профессионального образования Министерства обороны Российской Федерации» Военная академия связи имени С. М. Будённого была преобразована в Военный университет связи имени С. М. Будённого с присоединением в качестве факультета Санкт-Петербургского высшего военного инженерного училища связи и в качестве филиалов — Кемеровского высшего военного командного училища связи, Рязанского высшего военного командного училища связи и Ульяновского высшего военного инженерного училища связи.
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 9 июля 2004 года № 937р на базе филиалов вузов создали самостоятельные военные училища (военные институты). Военный университет связи имени С. М. Будённого с 1 января 2005 года был преобразован в Военную академию связи имени С. М. Будённого (начальники академии: с марта 2004 г. по сентябрь 2008 г. генерал-лейтенант А. Л. Кременчуцкий; с октября 2009 г. по декабрь 2010 г. генерал-майор С. А. Будилкин; с декабря 2010 г. по декабрь 2023 г. генерал-лейтенант С. В. Костарев).
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 24 декабря 2008 года № 1951-р Военную академию связи имени С. М. Будённого реорганизовали, присоединив к ней Кемеровское высшее военное командное училище связи (военный институт), Новочеркасское высшее военное командное училище связи (военный институт), Рязанское высшее военное командное училище связи (военный институт), Ставропольский военный институт связи ракетных войск и Краснодарское высшее военное училище (военный институт) с последующим образованием на их основе обособленных структурных подразделений. Академия была переименована в Военную академию связи имени Маршала Советского Союза С. М. Будённого.
Вместе с тем дальнейшая оптимизация сети вузов связи продолжилась. Филиал Военной академии связи в Ставрополе был ликвидирован приказом МО РФ от 20 июля 2010 года № 992.
С 1 сентября 2011 года во исполнение Указаний Генерального штаба Вооружённых Сил Российской Федерации от 29 июня 2011 года Военная академия связи с филиалами была переведена на новый штат. Численность курсантов академии возросла более чем в 2 раза.
Решением Министра обороны Российской Федерации здания Военной академия связи, расположенные в военном городке по адресу Тихорецкий проспект, дом 3, подверглась реконструкции. В их числе: три учебных корпуса, спортивный комплекс, три общежития, медицинский корпус, коммуникации. Построены новые объекты: универсальный спортивный корпус, стадион, бассейн для плавания, общежития на 1380 и 1216 мест, столовая на 2400 посадочных мест, продовольственный склад. Проведено преобразование библиотеки в современный библиотечный информационно-ресурсный центр на основе создания и развертывания сетевых технологий доступа к библиотечным фондам и Интернет-ресурса.
Во исполнение Решения Президента Российской Федерации от 17 апреля 2013 года «О создании в Вооруженных сил Российской Федерации научных рот, комплектуемых военнослужащими, проходящими военную службу по призыву, из числа наиболее одаренных выпускников вузов» приказом Министра обороны Российской Федерации от 28 мая 2013 года № 404 в Военной академии связи была сформирована научная рота.
С 1 августа 2015 года из штата вуза был исключён филиал Военной академии связи (Краснодар) – Распоряжение Правительства Российской Федерации от 28 апреля 2015 года № 768-р и Приказ Министра обороны Российской Федерации от 28 мая 2015 года № 290.
В соответствии с планами Министерства обороны по созданию в ряде военных образовательных учреждений структурных подразделений, реализующих программы среднего общего образования, с 1 сентября 2015 года в штат академии в качестве структурного подразделения был включён кадетский корпус (школа IT-технологий) численностью 80 воспитанников.
16 июля 2019 года состоялся Указ Президента Российской Федерации № 334 «О награждении государственными наградами Российской Федерации»: “За заслуги в укреплении обороноспособности страны и подготовке квалифицированных военных кадров наградить орденом Жукова Военную академию связи имени Маршала Советского Союза С. М. Будённого”.
2 сентября 2019 года состоялось торжественно открытие аллеи с бюстами выпускников академии – маршалов войск связи: народного комиссара связи СССР, начальника ГУСКА маршала войск связи И. Т. Пересыпкина (1904–1978), начальников связи Вооруженных Сил СССР маршалов войск связи А. И. Леонова (1902–1972) и А. И. Белова (1917–2001), заместителя Министра обороны СССР маршала войск связи Н. Н. Алексеева (1914–1980).
В преддверии и в канун 8 ноября 2019 года состоялись мероприятия в честь 100-летия Военной академии связи: торжественная церемония открытия бюста Маршала Советского Союза С. М. Будённого; открытие мемориальной доски в честь Героя Советского Союза, участника Парада Победы генерал-лейтенанта И. М. Сысолятина (1923–2006); военно-научная конференция; презентация исторического труда «100 лет служения Отечеству, 1919–2019»; посещение делегацией академии Ставропигиального Николаевского Морского собора в городе Кронштадте.
9 ноября 2019 года в Большом концертном зале «Октябрьский» состоялось торжественное собрание ветеранов войск связи и академии, должностных лиц органов управления МО РФ, ГУС ВС РФ, руководителей органов государственной власти, представителей силовых структур, военной прокуратуры и военного следственного управления Западного военного округа, военного суда, руководителей гражданских и военных ввузов. В концертной программе приняли участие артисты российской эстрады и ансамбль песни и пляски Западного военного округа.
8 июня 2020 года приказом Министра обороны Российской Федерации № 240 было введено новое наименование академии: федеральное государственное казенное военное образовательное учреждение высшего образования «Военная орденов Жукова и Ленина Краснознаменная академия связи имени Маршала Советского Союза С. М. Буденного» Министерства обороны Российской Федерации.
С декабря 2023 года по настоящее время Военной академией связи руководит генерал-майор Геннадий Анатольевич ТУЧИН.
На территории академии ведется строительство Храма войск связи во имя Преподобного Сергия Радонежского. С 2021 года проводится сбор пожертвований на строительство Храма. 21 октября 2021 года Митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Варсонофий провел торжественное богослужение по закладке памятной капсулы и освящению колоколов для строящегося Храма.