Для решения возложенных на академию задач создана структура, которая отражает основные направления ее деятельности — учебную и научную.
В настоящее время структура Военной академии связи включает управление (командование, отделы, службы), три факультета, на которых обучаются курсанты по программам с полной военно-специальной подготовкой, командный факультет, специальный факультет, факультет (переподготовки, повышения квалификации и заочного обучения), отделение (среднего профессионального образования), а также 22 кафедры, научно-исследовательский центр, учебный центр (инженерно-технический), кадетский корпус (школа IT-технологий), научно-исследовательский отдел, две научно-исследовательские лаборатории, роту (научную), подразделения обеспечения учебного процесса.