Высшим представительным коллегиальным органом управления академии является ученый совет. В его состав входят члены ученого совета, входящие в его состав по должности, и члены совета, избираемые из числа руководящего состава, научно-педагогических работников и представителей других категорий постоянного состава.
Ежегодно проводятся от 15 до 20 заседаний ученого совета, на которых рассматриваются основные вопросы жизнедеятельности академии, такие как:
обсуждение предложений в Государственные образовательные стандарты и Квалификационные требования подготовки специалистов, рассмотрение учебных планов и программ, состояние образовательной, методической и научной деятельности, воспитательной работы и воинской дисциплины, организация и итоги набора и выпуска курсантов, слушателей, адъюнктов, докторантов, результаты анализа отзывов из войск на выпускников академии и др. вопросы. На ученом совете также рассматриваются кандидаты при назначении на конкурсные должности, на представление к присвоению ученых званий профессора и доцента, других почетных званий.
Возглавляет ученый совет начальник академии. В составе совета
2 заместителя председателя ученого совета. Организует работу ученого совета ученый секретарь ученого совета.